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一、船舶吨税
船舶吨税与进口环节的增值税、消费税一样，属于海关代征税。只不过进口环节的增值税、消费税的征税对象是进口货物或物品，而船舶吨税的征税对象则是进出中国港口的国际航行船舶，具体包括：
(1)在中国港口行驶的外国籍船舶；
(2)外商租用的中国籍船舶；
(3)中外合营的海运企业自有或租用的中、外籍船舶；
(4)中国租用（包括国外华商所有的和租用的）航行国外及兼营国内沿海贸易的外国籍船舶。
二、引航费
为保证航行安全，使船舶合理有序地进出港，国际航行船舶进出港口时，一般都需要引航，在很多港口还是强制性的。为此船公司就要支付一定的引航费给港口引航服务的提供者。引航费的计算和征收办法各港口可能不一样，有的按照船舶吨位收取，有的按照船舶吃水深度收取，或者综合考虑船舶吨位和吃水深度。
三、拖轮费
船舶（尤其是中大型船舶）停靠码头泊位、离开码头泊位、从这个泊位移到那个泊位或者其他移动操作都需要使用拖轮，没有拖轮的帮助，是没有办法靠泊的，如果强行使用船舶本身的动力进行靠泊，极有可能碰坏船舶或码头设施，所以只能使用拖轮拉动船舶，慢慢靠泊。拖轮费一般按照拖轮本身的吨位或马力和使用时间计收。我国外贸港口的拖轮费率基本都按照0.45元/马力小时计收，即按照拖轮马力和使用时间收费。夜间、周日或节假日，则在0.45元/马力小时的基础上加收一定的附加费。
四、停泊费
船舶停在港口码头泊位、锚地等，需要按照一定计费标准，向港方支付停泊费。停泊费一般以船舶吨位、长度和停泊时间为基础，按照一定的费率进行计算。停泊费可分为生产性停泊费和非生产性停泊费，生产性停泊费又分为内贸生产性停泊费和外贸生产性停泊费。
各种停泊费计收标准不一样。我国沿海外贸生产性停泊费（对停泊在码头泊位进行装卸作业的国际航行船舶）的费率一般为0.2元/净吨（马力）/日，这些船舶在同一航次内多次挂靠我国外贸港口的，第一个港口按实际收取，之后的挂靠港只收70%（给予30%的优惠）。
五、驳运费
这个费用不太常见，主要针对一些需要驳船的特殊情况。之所以需要驳船，是因为有些船舶不能靠岸（比如港口航道水深不够，船舶的吃水深度超过航道深度）只能使用港口的驳船将船上的货物驳运到岸上，因此而产生的运输费用就是驳运费。驳运费按照“港口驳运货物费率表”的规定计收。
六、理货费
港口的理货和物流仓库的理货不太一样。前者是指港口的理货企业根据船方或货主的委托，对在装运港接收的货物或卸货港交付的货物，进行清点、整理、检查货差货损、指导装载、制作相关单证等工作。
七、其他费用
如港口管理局费、水闸费、系解缆费、灯标费、检疫费、结关费、倒垃圾费、交接船检验费、熏舱费、交通费、消防费、代理费、搬运费、堆装费、理舱费、平舱费、开关舱费、堆存保管费、船员就医遣返费、通讯邮电费，手续费，杂项费等。